V roce 2004 byl Jan Horník poprvé zvolen senátorem za senátní obvod č. 1 - Karlovy Vary jako nezávislý kandidát a po svém zvolení vstoupil do senátorského Klubu otevřené demokracie, který v té době sdružoval především nezávislé kandidáty. Ve volbách roku 2010 svůj mandát obhájil jako nezávislý, nominovaný hnutím Starostové a nezávislí (STAN). Od roku 2012 byl předsedou stejnojmenného senátorského klubu. Již od svého prvního zvolení v roce 2004 byl Jan Horník členem senátního Výboru pro regionální rozvoj, veřejnou správu a životní prostředí (VUZP). Z této pozice byl později jmenován zástupcem Senátu v Monitorovacím výboru dotačního programu Zelená úsporám a nyní uplatňuje v zákonodárné činnosti své zkušenosti se životním prostředím získané v Karlovarském kraji a především v Krušnohorském regionu.
Po zvolení místopředsedou Senátu v listopadu 2018, pro své vytížení novými povinnostmi a v souladu se senátními zvyklostmi, uvolnil funkce předsedy senátorského klubu a člena VUZP kolegům z klubu, který po volbách v roce 2018 posílil na 18 senátorů. Funkci místopředsedy Senátu obhájil i po řádných volbách do Senátu na podzim 2020. Klub STAN má již 24 členů.
Mimo jiné usiluje například o dostavbu rychlostní silnice R6 (je, spolu s kolegy senátory z Karlovarského kraje, iniciátorem Petice za urychlení dostavby R6), která by významně zvýšila dostupnost měst a obcí Karlovarského kraje a tím zvýšila mimo jiné zájem turistů o Karlovarský region. V pozici senátora vidí Jan Horník především svoji zodpovědnost v legislativní činnosti a zastává názor, že člověk zvolený občany přímo, by měl při tvorbě a prosazování zákonů hájit ty věci a hodnoty, které budou nejvíce prospěšné právě pro občany, kteří ho zvolili senátorem.
Funkce Jana Horníka (stav k 1.1.2022)