Jan Horník byl poprvé zvolen zastupitelem Karlovarského kraje v roce 2000 a je jím nepřetržitě dosud. V kraji se Jan Horník dlouhodobě zasazuje zejména o transparentní a koncepční řešení rozvoje zdravotnictví, školství, cestovního ruchu a lázeňství. Přestože do voleb 2020 vyjma krátkého období v letech 2015-16 byl převážně opozičním zastupitelem, snažil se na jedné straně prosazovat konstruktivní názory a řešení, a na straně druhé pomáhal rozkrývat mnohdy složité propletence chapadel různých zájmových skupin.
Ve své krajské pozici řadového zastupitele dlouhodobě bojuje proti některým rozhodnutím, jež v sobě skrývají tu menší, tu větší korupční nádech. Krajským evergreenem bylo nekoncepční provozování a správa krajských nemocnic v Karlových Varech, Sokolově a Chebu. V podstatě obřím problémem bylo konání některých karlovarských a ústeckých zastupitelů, což skončilo několikrát u soudu, který už i pravomocně rozhodnul. Bohužel přes veškeré předešlé snahy části krajské opozice o zjednání nápravy nebyly nikdy vládnoucí koalice složené z ODS + ČSSD nebo ČSSD + KSČM ochotny se touto problematikou zabývat, ba naopak kritika byla bagatelizována a její aktéři označováni až za nepřátele Karlovarského kraje. Více lze najít třeba v článku Horník: Kraj se chová zbaběle a nečestně, 06.09.2012.
Po více než 14 letech v opozici a po rozpadu koalice komunistů a sociálních demokratů, která kraji vládla od října 2012 do února 2015, se Jan Horník spolu se svými kolegy z kandidátní listiny Starostové (3 osoby) a TOP09 (1 osoba) stal poprvé členem koalice, která spravovala Karlovarský kraj. Pro své kolegy zajišťoval zejména legislativní podporu, včasný přenos informací z Parlamentu ČR a zprostředkování užitečných kontaktů.
Po volbách v roce 2016, po nichž novou vládnoucí koalici v kraji sestavilo hnutí ANO, se Jan Horník opět stal opozičním zastupitelem.
I v této pozici se však nadále aktivně podílí na práci v Zastupitelstvu Karlovarského kraje. Zabývá se zejména problematikou regionálního školství a aktualizací plánu regionálního rozvoje, do něhož z pozice senátora přináší potřebný nadhled.
Velmi často se též jako člen účastní práce v komisích pro přípravu a rozhodování v různých výběrových řízeních vypsaných Karlovarským krajem.
Po volbách v roce 2020 aktivně podporuje současnou radu kraje.